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如果選擇大腸桿菌表達系統，最終目的可溶性表達或包涵體形式，由于包涵體中有高豐度的重組蛋白，包涵體的分離本身構成了純化的重要步驟; 這必須與溶解難易和隨后包涵體中再折疊靶蛋白的難易以及可溶性蛋白的最終產量相平衡 。已經有許多工作優化了從包涵體中產生功能蛋白的產量 。

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紅色染料親和層析介質：紅色染料親和介質是將活性紅120共價結合到高流速瓊脂糖凝膠微球上的一種親和層析介質，活性紅120是一個多環染料，與自然產生的NADP+具有某些結構的相似性，可以強烈并且特異性結合寬范圍的蛋白質，如乳酸脫氫酶。能與紅色染料特異性結合的蛋白是由于它們需要核苷酸輔助因子。其他一些蛋白，例如白蛋白，脂蛋白，凝血因子和干擾素，是以非特異性方式與紅色染料相結合的，如芳香環陰離子配基的靜電力相互作用或者疏水鍵的相互作用。

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親和層析是一種根據生物分子之間的特異相互作用來分離蛋白的層析方法，如酶和底物、受體和配體、抗體和抗原。這種作用是特異性的也是可逆的，通過這種可逆的結合和分離來達到蛋白純化的目的。產品特點：1、基于配體和分離物間的特異性親和作用，分離選擇性強，效果好，純化倍數高。2、能完成一步方法很難完成的分離，如變性和非變性的，功能不同的蛋白。3、通常一步純化就可達到>90%的純度 速度快，操作簡單。

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層析體系需要優化，緩沖體系的pH要在7.5-8.3之間，添加200-500mM氯化鈉減少非特異性吸附，上樣完后要徹底清洗，保證層析填料孔內，顆粒間未結合的蛋白全部洗出后，在開始洗脫，保證上完樣后，清洗在10CV以上。洗脫過程需要摸索咪唑的強度梯度，用連續咪唑梯度來摸索洗脫濃度。